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財(cái)政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于企業(yè)清算業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財(cái)稅〔2009〕60號(hào)）第五條第二款規(guī)定，被清算企業(yè)的股東分得的剩余資產(chǎn)的金額，其中相當(dāng)于被清算企業(yè)累計(jì)未分配利潤和累計(jì)盈余公積中按該股東所占股份比例計(jì)算的部分，應(yīng)確認(rèn)為股息所得；剩余資產(chǎn)減除股息所得后的余額，超過或低于股東投資成本的部分，應(yīng)確認(rèn)為股東的投資轉(zhuǎn)讓所得或損失。
 　除了財(cái)稅〔2009〕60號(hào)文件中清算股權(quán)所得稅處理需要區(qū)分股息性質(zhì)所得與股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得之外，其他情形下發(fā)生的股權(quán)轉(zhuǎn)讓，應(yīng)如何處理呢？
　目前，涉及居民企業(yè)之間股權(quán)轉(zhuǎn)讓的政策規(guī)定有以下3項(xiàng)：
1.《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第十一條第二款規(guī)定，投資方企業(yè)從被清算企業(yè)分得的剩余資產(chǎn)，其中相當(dāng)于從被清算企業(yè)累計(jì)未分配利潤和累計(jì)盈余公積中應(yīng)當(dāng)分得的部分，應(yīng)當(dāng)確認(rèn)為股息所得；剩余資產(chǎn)減除上述股息所得后的余額，超過或者低于投資成本的部分，應(yīng)當(dāng)確認(rèn)為投資資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或者損失。 　財(cái)稅〔2009〕60號(hào)文件第五條第二款與條例上述規(guī)定一致。 　
2.《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第七十一條第二款及第三款規(guī)定，企業(yè)轉(zhuǎn)讓或者處置投資資產(chǎn)時(shí)，投資資產(chǎn)的成本準(zhǔn)予扣除。投資資產(chǎn)成本為購買價(jià)款或該資產(chǎn)的公允價(jià)值和支付的相關(guān)稅費(fèi)。 國家稅務(wù)總局《關(guān)于貫徹落實(shí)企業(yè)所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函〔2010〕79號(hào)）第三條規(guī)定，轉(zhuǎn)讓股權(quán)收入扣除為取得該股權(quán)所發(fā)生的成本后，為股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得。企業(yè)在計(jì)算股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得時(shí)，不得扣除被投資企業(yè)未分配利潤等股東留存收益中按該項(xiàng)股權(quán)所可能分配的金額。
3.財(cái)政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財(cái)稅〔2009〕59號(hào)）對股權(quán)轉(zhuǎn)讓涉及企業(yè)重組情形時(shí)的處理作了規(guī)定。對于股權(quán)轉(zhuǎn)讓時(shí)是否要確認(rèn)轉(zhuǎn)讓收益，該文件規(guī)定，一般重組要將股權(quán)處置進(jìn)行相應(yīng)股權(quán)轉(zhuǎn)讓或清算的所得稅處理；而特殊重組中，新取得股權(quán)的計(jì)稅基礎(chǔ)要以其原持有股權(quán)的計(jì)稅基礎(chǔ)來確定。對交易中的股權(quán)支付暫不確認(rèn)有關(guān)資產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓所得或損失的，其非股權(quán)支付仍應(yīng)在交易當(dāng)期確認(rèn)相應(yīng)的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失，并調(diào)整相應(yīng)資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)。
　根據(jù)上述規(guī)定，企業(yè)重組需進(jìn)行股權(quán)轉(zhuǎn)讓或清算處理時(shí)，企業(yè)所得稅的處理原則仍應(yīng)遵從上述清算股權(quán)或正常轉(zhuǎn)讓處置股權(quán)的原則。 《企業(yè)所得稅法》第二十六條規(guī)定，符合條件的居民企業(yè)之間的股息、紅利等權(quán)益性投資收益為免稅收入。企業(yè)清算與正常轉(zhuǎn)讓處置股權(quán)時(shí)，對這部分所得處理的結(jié)果是不一樣的。那么，納稅人是否會(huì)重復(fù)納稅呢？
舉例分析如下。
 例：2008年1月1日，A公司投資200萬元與B公司在境內(nèi)新設(shè)甲公司，A公司占40%股權(quán)。假設(shè)A公司適用企業(yè)所得稅稅率為25%。
 第一種情形：2009年10月31日，A公司將該股權(quán)轉(zhuǎn)讓給C公司，協(xié)議轉(zhuǎn)讓價(jià)350萬元。當(dāng)日甲公司所有者權(quán)益累計(jì)未分配利潤和累計(jì)盈余公積為100萬元。 　

第二種情形：2009年10月31日，因種種原因，甲公司決定清算，當(dāng)日甲公司所有者權(quán)益中累計(jì)未分配利潤和累計(jì)盈余公積為100萬元。A公司從甲公司分得剩余資產(chǎn)350萬元。
　第一種情形下，A公司股權(quán)處置環(huán)節(jié)應(yīng)納企業(yè)所得稅： 1.直接確定投資轉(zhuǎn)讓所得或損失為350－200＝150（萬元）。 2.A公司應(yīng)納企業(yè)所得稅為150×25%＝37.5（萬元）。
第二種情形下，A公司股權(quán)處置環(huán)節(jié)應(yīng)納企業(yè)所得稅：
1.先確定股息所得為100×40%＝40（萬元）。
2.再確定投資轉(zhuǎn)讓所得或損失為350－40－200＝110（萬元）。
3.40萬元股息所得按照稅法規(guī)定屬于免稅收入。
4.A公司應(yīng)納企業(yè)所得稅為40×0＋110×25%＝27.5（萬元）。
 上述兩種情形下，A公司的納稅金額差異正是股息性質(zhì)所得40萬元的處理不同引起的。 《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第十七條第二款規(guī)定，股息、紅利等權(quán)益性投資收益，除國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門另有規(guī)定外，按照被投資方作出利潤分配決定的日期確認(rèn)收入的實(shí)現(xiàn)。應(yīng)該說，這個(gè)規(guī)定對理解上述股權(quán)轉(zhuǎn)讓成本不同的確定非常關(guān)鍵。
 在清算環(huán)節(jié)，股東A公司是被清算甲公司累計(jì)未分配利潤和累計(jì)盈余公積的最終受益者，這部分利潤不再會(huì)產(chǎn)生分配環(huán)節(jié)，按照稅法規(guī)定，在這個(gè)環(huán)節(jié)享受股息所得免稅的優(yōu)惠規(guī)定也就在情理之中了。而第一種情形下，甲公司存續(xù)期間，受讓方C公司在甲公司對100萬元累計(jì)未分配利潤和累計(jì)盈余公積作出利潤分配決定的日期，會(huì)確認(rèn)這部分股息收入的實(shí)現(xiàn)，同時(shí)依據(jù)新稅法享受股息所得免稅的優(yōu)惠規(guī)定。如果A公司將該股權(quán)轉(zhuǎn)讓給C公司環(huán)節(jié)，即將100萬元累計(jì)未分配利潤和累計(jì)盈余公積中按持股比例確認(rèn)為股息所得，同一金額兩方重復(fù)享受優(yōu)惠，顯然是不符合稅法規(guī)定的。
 　通過上面的分析，居民企業(yè)之間股權(quán)轉(zhuǎn)讓成本的認(rèn)定目前可以按以下幾種情形掌握：
1.正常轉(zhuǎn)讓處置股權(quán)，轉(zhuǎn)讓收入減除股權(quán)投資成本后余額計(jì)稅，不區(qū)分轉(zhuǎn)讓所得與利息所得。
2.因清算而處置股權(quán)，按財(cái)稅〔2009〕60號(hào)文件規(guī)定處理，區(qū)分轉(zhuǎn)讓所得與利息所得。
3.連續(xù)持有居民企業(yè)公開發(fā)行并上市流通的股票不足12個(gè)月時(shí)轉(zhuǎn)讓，與正常轉(zhuǎn)讓股權(quán)相同，不區(qū)分轉(zhuǎn)讓所得與利息所得。 對于股權(quán)轉(zhuǎn)讓涉及企業(yè)重組情形的，根據(jù)財(cái)稅〔2009〕59號(hào)文件規(guī)定判斷，需要確認(rèn)股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得的，按轉(zhuǎn)讓收入減除股權(quán)投資成本后余額計(jì)稅，不區(qū)分轉(zhuǎn)讓所得與利息所得；需要按清算進(jìn)行所得稅處理的，按財(cái)稅〔2009〕60號(hào)文件規(guī)定處理，區(qū)分轉(zhuǎn)讓所得與利息所得。